Cuando instalamos el framework 2.0 , éste nos instala dos opciones nuevas en el IIS:
Una es una nueva “Application Pools” llamada “ASP.NET V2.0”
Otra es un nuevo Tab en la pestaña de propiedades
llamado ASP.NET, desde donde seleccionaremos que framework utilizara nuestra aplicación.
A partir de aquí ya podemos crear aplicaciones en ASP.NET 1.1 y en ASP.NET 2.0 y ejecutarlas juntas en el mismo IIS.
A la hora de crear una nueva aplicación el IIS por defecto va a crear la aplicación para que se ejecute con el framework 1.1, nosotros, si la queremos para el framework 2.0 deberemos ir a propiedades del web, pestaña ASP.NET
y cambiar la versión de ASP.NET, también debemos ir a la pestaña “Home Directory” y cambiar el Application Pool y cambiarlo para que se ejecute con el pool ASP.NET V2.0.
Y con esto ejecutaremos la aplicación en ASP.NET 2.0 sin mayores problemas.
Personalmente he instalado varios entornos mixtos y no he tenido ningun problema, funcionan todos perfectamente, salvo en uno que al instalar el framework 2.0 no se creo la nueva opción del application pool ASP.NET V2.0 y tu que crearlo a mano, después de esto funciono sin mayor problema.
Saludos
Alex