$i++;
$cfg['Servers'][$i]['host'] = '172.17.0.2';
$cfg['Servers'][$i]['user'] = 'root';
$cfg['Servers'][$i]['password'] = 'root';
$cfg['Servers'][$i]['port'] = '3306';
$cfg['Servers'][$i]['auth_type'] = 'config';
Os quedará algo como la imagen:

A la hora de acceder al servidor tendréis un combo para elegir el servidor al que se quiere acceder.

Y esto es todo amigos!!!
Saludos
Alex.